Bún chả cá được chế biến theo nhiều cách, cầu kỳ thì có thể dùng cá thu. bình dân thì các loại cá tạp khi ăn phối hợp thêm rau sống tạo nên một món ăn khá cân bằng về dinh dưỡng. Bún chả cá cung cấp một khối lượng dinh dưỡng đáng kể: mỗi tô khoảng 400-500 kcalo, chất đạm, acid amin. Thêm vào đó, nó chứa ít cholesterol và giàu Vitamin A và Vitamin D. Thế nhưng vẫn có lo ngại về nguy cơ gây hại cho sức khỏe ở Bún chả cá khi ở khâu làm chả, những nhà sản xuất thường hay tận dụng dầu để chiên làm sản sinh các chất có hại cho sức khỏe, và khâu bảo quản, cá dễ bị ôi thiu nếu không được bảo quản đúng cách.